La Fundación Centro Científico Amazónico para la Bioeconomía y la Innovación es la entidad sin ánimo de lucro del ecosistema Centro Científico Amazónico. Su propósito es fortalecer la generación de conocimiento, la apropiación social de la ciencia y la cooperación para el desarrollo sostenible, mediante proyectos de investigación aplicada, innovación y formación.
La Fundación actúa como eje científico del ecosistema, articulándose con aliados académicos, institucionales y comunitarios, y promoviendo iniciativas con capacidad de impacto territorial y proyección nacional e internacional.